このブログのコンセプトなるべく沢山手を動かすを掲げました。
abinitのHPには非常に多くのチュートリアルがあります。
これに手をつけてみます。

とは言え,いきなり全部はやりません。やれません。Lessons 1〜4が基本レッスンなので,まずこれらをじっくりゆっくり進めます。野球で言うところのキャッチボールや素振りですね。誰しもいきなり試合でホームランを打てるのではありません。練習しても打てるとは限りませんが。

そして自戒。解らなくても少しずつコツコツ。1日1行でも良し。挫けても少しずつコツコツ。前日の繰り返しでも良し。5年10年すれば何か変わってます,きっと。そう信じておきます。

あ,この記事ではまだ何も説明しません。悪しからず。

何のどんな計算をするかは二の次で,動作確認をします。

ここで,第一原理計算(abinitに限らず)は計算なので,入力と出力を必ず伴います。入出力はファイルや画面(コンソール)でやりとりします。後で閲覧できるように,ファイルを使うのが一般的で便利です。

ただし,ファイルは複数(沢山)あるため,ちゃんと管理整頓しないと,自分でもどのファイルが何の計算のものか判らなくなってしまいます。そうならないように個別に作業フォルダーを作成し,管理整頓します。

以下では,
  1. コマンドプロンプト起動
  2. 作業フォルダー作成
  3. サンプルファイルコピー
  4. 計算実行
の順で操作し,動作確認をします。

計算屋に少しでも近づけるよう,全てコマンドプロンプトで操作します。続きを読む

設定の前に簡単な説明を。

Windows上でabinitを使って計算を行う際,コマンドプロンプトを使うのが便利です。コマンドプロンプトは,'スタート'→'すべてのプログラム'→'アクセサリ'→'コマンドプロンプト'の順に選ぶと起動できます。

ジョブの投入は,例えば,コマンドプロンプトで,
abinit < tbase1_x.files > log
と入力します。

実際に入力して実行を試みた結果が,以下の図です。
cmd_abinit_unknown
'abinit' は内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
とエラーメッセージが返されるのみで,計算は行われていません。コマンドプロンプトがabinit (の実行形式ファイルであるabinit.exe)がどこに存在するかを認識していないため,人間からコンピュータへの命令が通じていないのです。

上記は,環境変数PATHにより解決できます。abinit.exeがどこに存在するかを指定するための仕組みです。より正確には,abinit.exeに限らず,コマンドを入力した際にコマンドプロンプトが探しに行く場所(ドライブおよびフォルダー)を設定する入れ物環境変数PATHです。パスを通す,と言うこともあります。
  1. 環境変数設定
    1. エクスプローラーを開いて,'システムのプロパティ'をクリックします。
      Explorer1
    2. エクスプローラーの表示が'システム'に変わるので,'システムの詳細設定'をクリックします。
      Ecplorer2
    3. 'システムのプロパティ'ダイアログが開きます。'詳細設定'タブの'環境変数(N)...'ボタンをクリックします。
      System_Property
    4. '環境変数'ダイアログが開きます。'システム環境変数(S)'から"Path"を探します。
      Env1
    5. 変数"Path"を選択した状態で'編集(I)...'ボタンを押します。
      Env2
    6. 'システム変数の編集'ダイアログが開きます。'変数名(N)'が"Path"であることを確認。
      Env3
    7. (1) '変数値(N)'の末尾に"C:¥Program Files¥abinit-7.4.3¥bin;"を追加し,(2) 'OK'ボタンを押します。(注: インストール(1/2)の説明と異なるドライブやフォルダー名にした場合は,それに合わせて赤文字部分を変えて下さい。)
      Env4
    8. '環境変数'ダイアログの'OK'ボタンを押します。
      Env5
    9. 'システムのプロパティ'ダイアログの'OK'ボタンを押します。
      Env6
    10. もし,コマンドプロンプトを開いていた場合,一旦閉じて,新しくコマンドプロンプトを起動します。(変更された環境変数は,設定完了後に新たに開かれたタスク(コマンドプロンプト)から反映されます。)
      なお,環境変数設定は,次回以降のWindows起動時にも継続されますので,作業は一度だけで十分です。
    11. 試しに,コマンドプロンプトで
      abinit
      と入力してみました。('< tbase1_x.file > log'はわざと省略しています。)
        ABINIT

        Give name for formatted input file:
      と表示され,カーソルが点滅します。
      cmd_abinit_OK
      終了するには,Ctrl + Cを押します。コマンドプロンプトを閉じても構いません。
以上で,インストールの完了です。

  1. ファイル展開
    Windowsデフォルトでは,zipファイルをダブルクリックすると,圧縮されたままの状態でファイルやフォルダーの内容が表示されます。つまり,展開されていません。明示的に展開操作をする必要があります。以下がその作業です。

    1. ツールバー部分の'ファイルをすべて展開'ボタンを押します。
      decom1
    2. '圧縮(ZIP 形式)フォルダーの展開'ダイアログが現れます。'展開(E)'ボタンを押します。'ファイルを下のフォルダーに展開する(F)','完了時に展開されたファイルを表示する(H)'はそのままで構いません。
      decom2
    3. 待ちます。私のマシンでは約3分でした。
      decom3
    4. デフォルトでは展開が完了すると,エクスプローラーでファイル(フォルダー)が表示されます。
      decom4

  2. フォルダー名変更とコピー(移動)
    この例では,デスクトップ¥abinit-7.4.3_i686_cygwin_gnu4.7の下abinit-7.4.3_i686_cygwin_gnu4.7というフォルダーが作成されています。つまり,"abinit〜"の部分が同一名です。
    FolderW
    1. 重複していて,そもそも随分長いので,フォルダー名(赤い方)を変更します。abinit-7.4.3_i686_cygwin_gnu4.7abinit-7.4.3に変更したのが下図です。
      FolderRename
    2. C:¥Program Files¥にフォルダーabinit-7.4.3をコピー(または移動)します。
      Before_inst
      以下の図のような注意を促すダイアログが出て来るかも知れません。気にせず,'続行(C)'ボタンを押して下さい。
      Reject_copy
    3. 無事コピーされました。デスクトップ上のフォルダー(青い方赤い方も)やzipファイルは削除して構いません。
      After_inst
まだインストール完了ではありませんが,記事が長くなるので分けます。3. 環境変数設定があります。

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